Vị trí chính xác nơi Indianapolis bị đám không được biết rõ. Trong tháng 7-tháng 8 năm 2001, một cuộc thám hiểm công bố đã tìm thấy xác tàu đắm nhờ sử dụng sonar quét bên và máy ảnh dưới nước gắn trên thiết bị lặn điều khiển từ xa. Bốn thành viên Indianapolis còn sống sót đã tháp tùng theo cuộc thám hiểm, nhưng nó đã thất bại. Đến tháng 6 năm 2005, một cuộc thám hiểm thứ hai được tổ chức để tìm nơi đắm tàu; nó được kênh truyền hình National Geographic theo dõi và công bố kết quả vào tháng 7 trong loạt chương trình Finding of the USS Indianapolis. Những thứ duy nhất tìm thấy, không thể xác định rằng có thuộc về Indianapolis hay không, là nhiều mảnh vụn kim loại được tìm thấy tại nơi được báo cáo nó đã bị chìm.

Theo thông báo ngày 19/8 của Hải quân Mỹ, xác tàu Indianapolis được tìm thấy ở độ sâu 5,5 km dưới mặt biển Thái Bình Dương.Sau nhiều tháng ròng rã, ngày 18/8 vừa qua, nhóm tìm kiếm đã tìm thấy xác tàu Indianapolis tại vùng biển Philippines. Hải quân Mỹ đã yêu cầu nhóm của ông Allan giữ bí mật vị trí tìm kiếm chính xác.